Terwujudnya Balai Besar Meteorologi Klimatologi dan Geofisika Wilayah - V Jayapura yang andal, tanggap dan mampu memberikan pelayanan meteorologi, klimatologi, kualitas udara dan geofisika yang andal guna mendukung keselamatan masyarakat, keberhasilan pembangunan daerah dan nasional.

• Melaksanakan pengamatan dan memahami fenomena meteorologi, klimatologi, kualitas udara dan geofisika di lingkungan Balai Besar MKG Wilayah - V Jayapura.

• Melaksanakan pengolahan, analisis dan prakiraan dalam lingkungan Balai Besar MKG Wilayah - V Jayapura.

• Melaksanakan pelayanan data dan informasi meteorologi, klimatologi, kualitas udara dan geofisika di lingkungan Balai Besar MKG Wilayah - V Jayapura

• Melaksanakan tugas koordinasi dan memfasilitasi kegiatan meteorologi, klimatologi, kualitas udara dan geofisika di lingkungan Balai Besar MKG Wilayah - V Jayapura.

• Berpartisipasi aktif dalam kegiatan meteorologi, klimatologi, kualitas udara dan geofisika di lingkungan wilayah kerja Balai Besar MKG Wilayah - V Jayapura (provinsi Papua dan Papua Barat) yang mengacu pada kebijakan BMKG Pusat.